清朝定都北京之后，以北京为顺天府，以其旧都沈阳为奉天府。

顺天府有兼管顺天府尹事大臣(又称“兼尹”)，为清朝特派管理京畿之官员，兼掌顺天府所管一切政务、民事。

兼管顺天府尹事大臣雍正元年(1723)始设，特简汉大学士、尚书、侍郎等部院大臣充任，无正员。

兼管顺天府尹事大臣的属官有尹、丞以及治中、通判、经历等官。

奉天府机构与顺天府大体相同。

大区

总督：划全国为若干大区，每区有总督一人，掌“厘治军民、综治文武、察举官吏、修饰封疆”。

总督之加衔，有大学士、右都御史、兵部尚书等。

总督辖地，有的为一省，如四川；有的为两省，如两湖、两广；有的为三省，如两江总督辖苏、皖、赣三省；陕甘总督辖陕、甘、新三省。

清代较长时期设八总督，末年增设东三省总督。此外，尚设有专职性的总督，如河督、漕督等。

同治五年，以两江总督兼南洋通商大臣，同治九年，以直隶总督兼北洋通商大臣。南洋大臣、北洋大臣之名始于此。

省

巡抚：划全国为若干省，各省设巡抚，为一省行政长官。巡抚的加衔，为右副都御史、兵部右侍郎等。

在河南、山东、山西等省专设巡抚，不设总督。直隶、四川、甘肃等省以总督兼巡抚。

督、抚除个别情况外，一般不设在同一城中，如两江总督驻江宁，江苏巡抚驻苏州。

布政使：各省设承宣布政使司，通称“藩司”，为一省民政、财政机构，有布政使等官。

江苏设两个布政使，一为江宁布政使，一为苏州布政使，是特例。

按察使：在各省设按察使司，通称“臬司”，主管一省司法事务。提刑按察使司的内部分设经历司、照磨所、司狱司。

按察使司以按察使为主官，以按察司副使为副长官，下设佥事，员额不定。副使与佥事平时分道巡察。

提督学政：在各省设提督学政（后改称提学使），掌管学校教育。

盐运使：在重要产盐地区设都转盐运使司盐运使，有的地方则设盐法道。有的地方设盐政，往往以总督或巡抚兼之。

道员（又称道台）：全国各省设道，道有道员。

清代的道员略如明制，名目繁多。有管理专业者，如河道、海关道、巡警道、劝业道等。有管理某一地区者，如苏州道、淮扬海道等。管理地区之道又有分巡道、分守道之别。

具体而言，道员各掌分守、分巡，及河、粮、盐、茶，或兼水利、驿传，或兼关务、屯田，并佐藩、臬覈官吏，课农桑，兴贤能，励风俗，简军实，固封守，以帅所属而廉察其政治。

虽同为道员，但身份不同，职守亦不同。

府州县

省下设府，每府有知府、同知、通判等官。

各省设州，州有两种，一为属州（散州），相当于县；一为直隶州，相当于府而直属于省。

州有知州、州同、州判等官。

全国各地设县，县有知县、县丞、主簿、典史等官吏。

各府、州、县均设儒学，称为“府学”、“州学”、“县学”，大体沿用明制。